生物信息学

20220519_提取基因5'UTR与3'UTR与启动子序列的方法

Song Wei 2023年3月12日 05:43

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20220519_提取基因5'UTR与3'UTR与启动子序列的方法

(1) 5'UTR指的是基因序列的起始端，其全称为5'非翻译区。5'UTR位于起始密码子（AUG）之前，一般包括起始密码子及其前面几个核苷酸。5'UTR在转录后的RNA中，不会被翻译为蛋白质，但它在调控基因表达方面起到了重要的作用。5'UTR能够影响转录的起始位置、翻译速率、RNA的稳定性和位置定向等，它能够通过结合转录因子和RNA结合蛋白等方式，影响基因的表达水平和翻译效率。

(2) 3'UTR指的是基因序列的终止端，其全称为3'非翻译区。3'UTR位于终止密码子之后，一般包括终止密码子及其后面的一段序列。3'UTR也不会被翻译为蛋白质，但它在调控基因表达方面同样起到了重要的作用。3'UTR能够影响mRNA的稳定性、转运、翻译效率和位置定向等，它通过结合RNA结合蛋白和miRNA等方式，影响基因的表达水平和翻译效率。

(3) 启动子序列是位于5'UTR区域的一段特定序列，可以结合转录因子和RNA聚合酶，启动基因转录的过程。启动子序列是基因表达的重要调节元件，它可以通过调节转录的起始时间、转录速度和转录终止等过程，控制基因的表达水平和组织特异性。在启动子序列中，有一些核苷酸序列比较保守，被称为核心启动子序列，它们对于基因的正常转录起始非常重要。

01 打开UCSC genome browser网站

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?hgsid=1135464701_QYf1uabeAtCA3YKHZtBchoMoGhf0&clade=mammal&org=Mouse&db=mm10&hgta_group=genes&hgta_track=refSeqComposite&hgta_table=ncbiRefSeq&hgta_regionType=genome&position=chr12%3A56%2C694%2C976-56%2C714%2C605&hgta_outputType=sequence&hgta_outFileName=test

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