20221028_GetOrganelle组装细胞器基因组

(1)细胞器基因组是指存在于细胞质中的某些细胞器内的基因组，包括线粒体基因组和叶绿体基因组。这些基因组具有以下特点：小型化：相比细胞核基因组，细胞器基因组大小较小，基因数目也较少。单位圆形DNA：细胞器基因组的DNA是以圆形结构存在的。自主复制：细胞器基因组有自主复制的能力，独立于细胞核的复制。基因密集：细胞器基因组相对较小，但其中的基因密度非常高，其内部几乎没有非编码序列。遗传方式：细胞器基因组遗传方式与细胞核基因组不同，通常是为母系遗传。

(2) GetOrganelle是一个用于分析基因组测序数据的开源软件，主要用于提取和装配线粒体和叶绿体基因组。该软件可以自动从混合基因组测序数据中提取和装配线粒体和叶绿体DNA，同时也支持使用外部线粒体和叶绿体序列库进行装配。GetOrganelle的算法主要基于SPAdes，通过对SPAdes的一些特定的参数进行调整，使其适合线粒体和叶绿体基因组的装配。它还使用了一些其他算法和工具，如BLAST、BWA和QUAST等。

(3) getorganelle软件安装

conda create -n getorganelle_env_2 -y

source activate getorganelle_env_2

conda install -c bioconda getorganelle_env_2 -y

cd /opt/ 

mkdir getorganelle

cd getorganelle

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleDB/releases/download/0.0.1/v0.0.1.tar.gz  ./

tar -zxvf v0.0.1.tar.gz

get_organelle_config.py -a embplant_pt,embplant_mt,animal_mt --use-local ./0.0.1

GETORG_PATH=/opt/getorganelle/0.0.1

export GETORG_PATH

(4) getorganelle软件分别组装线粒体与叶绿体基因组

(getorganelle_env_2) root@dell-server:/home/newdisk_dell_6/wilson/lizi/lizi-flye-2021-10-11-11-04-09_result-1/organelle_identify/newtest/20221022_result/02_getorganelle_result# ls -lhtr
总用量 5.2G
-rw-r--r-- 1 root root 2.6G 10月 28 01:29 ngs_1.fastq
-rw-r--r-- 1 root root 2.6G 10月 28 01:31 ngs_2.fastq
(getorganelle_env_2) root@dell-server:/home/newdisk_dell_6/wilson/lizi/lizi-flye-2021-10-11-11-04-09_result-1/organelle_identify/newtest/20221022_result/02_getorganelle_result# nohup get_organelle_from_reads.py  -1 ngs_1.fastq   -2 ngs_2.fastq  -t 60  -o lizi_chlo  -F embplant_pt -R 15  &
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(getorganelle_env_2) root@dell-server:/home/newdisk_dell_6/wilson/lizi/lizi-flye-2021-10-11-11-04-09_result-1/organelle_identify/newtest/20221022_result/02_getorganelle_result# ls -lhtr
总用量 5.2G
-rw-r--r-- 1 root root 2.6G 10月 28 01:29 ngs_1.fastq
-rw-r--r-- 1 root root 2.6G 10月 28 01:31 ngs_2.fastq
-rw------- 1 root root 1.1K 10月 28 01:34 nohup.out
drwxr-xr-x 3 root root 4.0K 10月 28 01:34 lizi_chlo

(getorganelle_env_2) root@dell-server:/home/newdisk_dell_6/wilson/lizi/lizi-flye-2021-10-11-11-04-09_result-1/organelle_identify/newtest/20221022_result/02_getorganelle_result/mito# nohup get_organelle_from_reads.py  -1 ngs_1.fastq   -2 ngs_2.fastq  -t 60  -o lizi_mito  -F embplant_mt -R 15  &
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