心情随笔
R语言编程
20231005_ClusterGVis按时间序列对基因表达进行聚类及可视化
2023年10月5日 23:21
ClusterGVis可以基于 Mfuzz 的聚类算法或ComplexHeatmap 的 Kmeans 聚类算法对RNA数据进行聚类和可视化。该包用于在具有时间序列特征的转录组、蛋白质组数据中分析基因或蛋白表达的时间趋势，并将具有相似表达模式的基因或蛋白划分聚类，帮助了解这些生物学分子的动态模式以及与功能的联系。
Song Wei
R语言编程
20231005_桑基气泡图：深度解读GO富集分析的五维度信息
2023年10月5日 23:08
桑基气泡图是一种新型的数据可视化工具，它结合了桑基图和气泡图的特性，能够展示更多维度的信息。它不仅可以展示基因在不同路径中的分布、数量和显著性，还可以通过颜色和大小的变化直观地展示统计显著性和基因数量的变化。更重要的是，桑基气泡图可以展示基因ID的流动，帮助我们理解基因在不同生物过程中的角色，以及基因之间的关系。
Song Wei
R语言编程
20231005_Eulerr按实际比例绘制韦恩图
2023年10月5日 22:58
按实际比例绘制的韦恩图可以更准确地表示集合的大小和交集的大小。这样，观察者可以通过图形直观地理解各集合之间的关系，比如哪个集合更大，哪个交集更重要等。
Song Wei
R语言编程
20231005_ggbreak绘制断轴散点柱形图
2023年10月5日 22:46
断轴散点柱形图是一种非常实用的数据可视化工具，它结合了柱形图和散点图的优势，能够同时显示数据集的均值和原始数据点。此外，通过截断的方式，可以使差异较大的数据类型同时被合理展示、清晰观测。
Song Wei
R语言编程
20231005_利用 UpSetR 包进行高效的交集数据可视化
2023年10月5日 22:31
UpSetR 是一个 R 语言的包，用于创建 UpSet 图，这是一种用于可视化交集的创新图形。传统的维恩图（Venn图）在处理超过5个集合的交集时会变得复杂且难以阅读。相比之下，UpSetR 通过垂直的条形图来表示交集的大小，可以更好地处理大量的集合交集。
Song Wei
R语言编程
20230722_ggplot2绘图优化 : Y轴截断解决大数据差异显示问题
2023年7月22日 02:35
对实验数据绘图过程中，经常会遇到数值相差很大的情况；若相差极大，很难做到多组数据都显示的明显；这个时候，就可以通过截断坐标轴来实现多组数据都清晰显示的要求。截断坐标轴是只显示一部分数据，使相差较大的多组数据都能显示出来。
Song Wei
生物信息学
20230722_InteractiVenn在线制作复杂的多集合韦恩图
2023年7月22日 02:22
韦恩图是一种图形表示法，用于展示有限个集合之间的逻辑关系。它由一系列重叠的形状组成，每个形状代表一个集合。与许多其他工具只能处理最多4个集合的限制相比，InteractiVenn可以绘制包含4个、5个甚至6个集合的韦恩图。这使得它在处理复杂数据集关系时，具有更大的灵活性和广泛的应用性。
Song Wei
R语言编程
20230705_gggenes包:ggplot2下的基因与蛋白质结构可视化工具
2023年7月6日 03:22
在生物信息学和分子生物学研究中，对基因和蛋白质结构的可视化分析有助于解析它们的功能、进化关系以及相互作用。在本文中，我们将介绍一个名为gggenes的R包，它基于流行的ggplot2库，帮助研究者轻松绘制基因和蛋白质结构。我们将详细介绍gggenes包的安装与使用方法。
Song Wei
Linux编程
20230630_使用wait优化nohup任务并解决计算机内存限制问题
2023年6月30日 03:00
为了加快任务的执行速度，我们可能希望同时运行多个任务。然而，由于计算机内存的限制，我们不能让所有任务都同时进行。在这种情况下，我们可以使用wait命令来控制同时进行的任务数量，从而在保证计算机内存不受影响的前提下，加快任务的执行速度。
Song Wei
最新文章
推荐阅读
网站浏览
