R语言编程
20240506_Minimap2软件比对结果的可视化方法
2024年5月11日 05:25
Minimap2 是一款用于处理大规模基因组数据的序列比对工具，能精确将长DNA序列到参考基因组，但这些结果通常以文本形式出现，对于希望直观理解比对信息的研究人员来说可能难以解读。在本文中，我们将介绍如何将Minimap2的比对结果转化为直观的图形，清晰地展示出各个序列与参考序列相比对的位置和密度。
Song Wei
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20240208_超越传统柱形图：双向叠加柱形图的设计与实现
2024年2月8日 00:54
双向叠加柱形图是一种独特的数据可视化工具，专门设计用于揭示和比较两组数据之间的对比关系。它通过在一个共同的基线上向相反方向展示柱形图的方式，有效地展现了数据集之间的正负差异或对比情况。与传统柱形图只能在单一方向上展示数据的局限性不同，双向叠加柱形图能够同时处理正向和负向数据，从而提供更全面的视角来观察数据之间的动态关系。
Song Wei
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20240201_Forestploter包：森林图绘制指南
2024年2月8日 00:48
森林图是一种在医学统计和各种科学研究中常用的图表，特别是在元分析中展示不同研究结果的效应量及其信心区间。通过一系列的点估计和横向线段，森林图能够直观地展示出各项研究的结果大小和不确定性，同时也可以用来展示结果之间的异质性。
Song Wei
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20231005_ClusterGVis按时间序列对基因表达进行聚类及可视化
2023年10月5日 23:21
ClusterGVis可以基于 Mfuzz 的聚类算法或ComplexHeatmap 的 Kmeans 聚类算法对RNA数据进行聚类和可视化。该包用于在具有时间序列特征的转录组、蛋白质组数据中分析基因或蛋白表达的时间趋势，并将具有相似表达模式的基因或蛋白划分聚类，帮助了解这些生物学分子的动态模式以及与功能的联系。
Song Wei
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20231005_桑基气泡图：深度解读GO富集分析的五维度信息
2023年10月5日 23:08
桑基气泡图是一种新型的数据可视化工具，它结合了桑基图和气泡图的特性，能够展示更多维度的信息。它不仅可以展示基因在不同路径中的分布、数量和显著性，还可以通过颜色和大小的变化直观地展示统计显著性和基因数量的变化。更重要的是，桑基气泡图可以展示基因ID的流动，帮助我们理解基因在不同生物过程中的角色，以及基因之间的关系。
Song Wei
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20231005_Eulerr按实际比例绘制韦恩图
2023年10月5日 22:58
按实际比例绘制的韦恩图可以更准确地表示集合的大小和交集的大小。这样，观察者可以通过图形直观地理解各集合之间的关系，比如哪个集合更大，哪个交集更重要等。
Song Wei
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20231005_ggbreak绘制断轴散点柱形图
2023年10月5日 22:46
断轴散点柱形图是一种非常实用的数据可视化工具，它结合了柱形图和散点图的优势，能够同时显示数据集的均值和原始数据点。此外，通过截断的方式，可以使差异较大的数据类型同时被合理展示、清晰观测。
Song Wei
R语言编程
20231005_利用 UpSetR 包进行高效的交集数据可视化
2023年10月5日 22:31
UpSetR 是一个 R 语言的包，用于创建 UpSet 图，这是一种用于可视化交集的创新图形。传统的维恩图（Venn图）在处理超过5个集合的交集时会变得复杂且难以阅读。相比之下，UpSetR 通过垂直的条形图来表示交集的大小，可以更好地处理大量的集合交集。
Song Wei
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20230722_ggplot2绘图优化 : Y轴截断解决大数据差异显示问题
2023年7月22日 02:35
对实验数据绘图过程中，经常会遇到数值相差很大的情况；若相差极大，很难做到多组数据都显示的明显；这个时候，就可以通过截断坐标轴来实现多组数据都清晰显示的要求。截断坐标轴是只显示一部分数据，使相差较大的多组数据都能显示出来。
Song Wei
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20230705_gggenes包:ggplot2下的基因与蛋白质结构可视化工具
2023年7月6日 03:22
在生物信息学和分子生物学研究中，对基因和蛋白质结构的可视化分析有助于解析它们的功能、进化关系以及相互作用。在本文中，我们将介绍一个名为gggenes的R包，它基于流行的ggplot2库，帮助研究者轻松绘制基因和蛋白质结构。我们将详细介绍gggenes包的安装与使用方法。
Song Wei
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