生物信息学
20230907_从GO与KEGG富集分析中提取基因名称的方法介绍
2024年5月11日 04:25
在生物信息学分析中，基因功能富集分析通过使用GO 和KEGG 数据库帮助研究者识别与特定生物功能或通路相关的基因集合。本文将介绍如何从GO和KEGG富集分析的通路中提取出具体的基因名称，以便于进一步分析和实验验证。
Song Wei
生物信息学
20230722_InteractiVenn在线制作复杂的多集合韦恩图
2023年7月22日 02:22
韦恩图是一种图形表示法，用于展示有限个集合之间的逻辑关系。它由一系列重叠的形状组成，每个形状代表一个集合。与许多其他工具只能处理最多4个集合的限制相比，InteractiVenn可以绘制包含4个、5个甚至6个集合的韦恩图。这使得它在处理复杂数据集关系时，具有更大的灵活性和广泛的应用性。
Song Wei
生物信息学
20230510_环状RNA(circRNA)的表达定量及差异表达分析
2023年5月10日 15:16
近年来，随着高通量测序技术的发展，大量circRNA被发现参与了多种生物过程和疾病的发生发展。同时，它们在多种疾病发生发展中的调控作用也日益受到关注，特别是在癌症、神经退行性疾病和心血管疾病等方面表现出重要的潜在诊断和治疗价值。
Song Wei
生物信息学
20230426_使用Python机器学习算法对生物序列进行细胞器基因组预测
2023年4月26日 23:57
本文介绍了一种利用 Blast 作为生物信息学工具进行 DNA 或蛋白质序列比对，并将 Blast 的输出结果用于机器学习模型训练的方法。这种方法可以提高模型的特征提取能力、预测准确性和训练效率。
Song Wei
生物信息学
20230425_BLAST软件升级：新增可精确定位错配碱基位置功能
2023年4月25日 04:31
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，用于比较两个或多个生物序列之间的相似性。BLAST算法是基于比对的方式，通过寻找两个序列之间的局部比对来确定它们的相似性，因此BLAST主要适用于寻找同源序列（homologous sequences）。
Song Wei
生物信息学
20230403_K-means聚类分析鉴定共表达基因及可视化
2023年4月3日 18:30
聚类分析用于将表达模式相同或相近的基因聚集成类，进而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能，这些同类基因可能具有相似的功能，共同参与同一代谢过程或存在于同一细胞通路中。
Song Wei
生物信息学
20220520_染色体共线性分析
2023年3月31日 01:37
基因组共线性分析是一种比较基因组学方法，用于比较不同物种或同一物种不同基因组中的基因组结构。它可以揭示出基因组中的保守基因区域和进化事件，例如基因家族的扩张、染色体重排、染色体片段重组和基因重复等。
Song Wei
生物信息学
20191006_OrthoFinder鉴定同源家族蛋白
2023年3月27日 13:53
同源蛋白鉴定是识别不同物种中功能相似的蛋白质，从而推断它们的结构和生物学功能，帮助我们研究不同物种之间的演化关系、了解蛋白质的结构和功能、预测基因功能.
Song Wei
生物信息学
20211107_鉴定并去除Illumina测序中的PCR重复序列
2023年3月24日 01:57
在Illumina测序过程中，由于PCR扩增时会复制出原始DNA片段的多个拷贝，它们可能会被误认为是不同的DNA分子，从而导致PCR扩增偏好性和测序错误等问题。
Song Wei
生物信息学
20221028_GetOrganelle组装细胞器基因组
2023年3月24日 00:04
Getorganelle可以自动从混合基因组测序数据中提取和装配线粒体和叶绿体DNA，同时也支持使用外部线粒体和叶绿体序列库进行装配。
Song Wei
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