Song Wei
生信工程师
关于我
长期从事生信分析软件包开发、基因组组装以及比较基因组学研究。 开发和维护基于NGS和TGS数据的生物信息分析流程，设计算法并编程实现分析流程。为提高流程的计算性能，对流程进行优化。对Linux、python、R多种编程语言熟悉。
- 安徽_桐城
- 1422460556@qq.com
- https://github.com/WeiSong-bio
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教育经历
2019-至今
北京理工大学
生物医学工程专业(生物信息软件开发方向)：
(1)通过二代测序、三代测序以及 HiC 测序三种测序方法组装真核生物染色体
水平基因组，并对组装的染色体进行基因预测和功能注释。(2)加权基因共表达网络分析( WGCNA )鉴定出与表型性状关联的基因。(3)通过比较基因组分析，构建物种之间系统发育树，并鉴定染色体与参考基因组之间的 SNP 以及 InDel 等变异。
2015-2018
厦门大学
生物学专业(宏基因组学方向):
通过宏基因组测序和基因组组装、分箱获得9株较高质量的聚磷菌基因组草图（目前公开报道的聚磷菌基因组仅有11株，丰富了聚磷菌的基因组学研究内容）。
通过对全基因组的核心基因进行串联并构建系统发育树，证明3株聚磷菌为尚未报道的新类群（更新了目前聚磷菌已知的分类学信息）。
对19株聚磷菌基因组进行比较基因组分析，鉴定不同类群聚磷菌的特有基因以及核心基因。
2010-2014
华中农业大学
生物工程专业(基因编辑方向):
利用归巢内切酶I-SceI介导的基因编辑方法将Flag标签基因敲入到苏云金芽孢杆菌基因组中一个核糖开关的下游基因的末端，并通过插入的Flag标签基因验证下游基因的表达。
发表文章
2019-至今
Song Wei, Ye T, Liu S, Shen D, Du Y, Yang Y, Lu Y, Jin H, Huo Y, Piao W et al: Chrom-pro: A User-Friendly Toolkit for De-novo Chromosome Assembly and Genomic Analysis. bioRxiv(2024).
Song Wei, Li C, Lu Y, Shen D, Jia Y, Huo Y, Piao W, Jin H: Chlomito: a novel tool for precise elimination of organelle genome contamination in nuclear genome assemblies. bioRxiv(2024).
Song Wei, Yu L, Ye T, Zhang H, Wang Y, Yang Y, Shen D, Piao W, Jin H: CircRNA-Pro: A Novel Toolkit for High-Precision Detection of Differentially Expressed Circular RNAs and Translatable Circular RNAs. bioRxiv(2024).
Wang Z #, Song Wei #, Zhang X #, Zheng M, Li H, Yu K, Guo F. Expanding the Diversity of Accumulibacter with a Novel Type and Deciphering the Transcriptional and Morphological Features among Co-Occurring Strains. Appl Environ Microbiol(2023).
Song Wei #, Zheng Minjia #, Li Hao, Zheng Wei, Guo Feng. "Profiling population-level diversity and dynamics of Accumulibacter via high throughput sequencing of ppk1." Applied microbiology and biotechnology(2019).
Song Wei #, Wang Juan #, Piao Weilan #, Yang Yuening #, Son Ahyeon, Chang Hyeshik, Wen Xianghui, Zhang Honglei, Li Chong, Na Daxiang, Lu Yanming, Menet Jerome, V.Narry Kim Jin Hua. The Role of Terminal Uridyl Transferases in the Circadian Rhythm. bioRxiv(2023).
Du Yuhui #, Song Wei #, Yin Zhiqiu #, Wu Shengbo, Liu Jiaheng, Wang Ning, Jin Hua, Qiao Jianjun, Huo Yixin. "Genomic analysis based on chromosome-level genome assembly reveals an expansion of terpene biosynthesis of Azadirachta indica." Frontiers in plant science (2022).
Piao Weilan#, Chong Li#, Sun Pengkun, Yang Miaomiao, Ding Yansong, SongWei, Jia Yunxiao, Yu Liqun, Jin Hua. Identification of RNA-Binding Protein Targets with HyperTRIBE in Saccharomyces cerevisiae. International Journal of Molecular Sciences (2023).
Hua Jin, Daxiang Na, Reazur Rahman, Weijin Xu, Allegra Fieldsend, Wei Song, Shaobo Liu, Chong Li, Michael Rosbash. TRIBE editing reveals specific mRNA targets of eIF4E-BP in Drosophila and in mammals. Science Advances(2020).
掌握技能
- Python语言编程
- Linux语言编程
- R语言编程
- 生信软件开发
- Django网站开发
- CircRNA分析
- 比较基因组分析
- 单细胞测序分析
- 宏基因组学